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Index BBB : mode d'estimation et interprétation

Les évaluations génétiques développées sont basées sur le modèle animal. Cette méthode, largement utilisée au niveau international, estime plus correctement le potentiel génétique de chaque animal ce qui permet d'améliorer l'efficacité de la sélection.

Ce document vise à informer le plus complètement possible sur les méthodes utilisées et est subdivisé en sept parties :

Le modèle animal;
Le modèle unicaractère;
Le modèle multicaractère;
Les évaluations pour les caractères à la naissance;
Les évaluations pour les caractères en seconde visite (14 mois);
Les évaluations pour la cotation linéaire;
Les critères de publication;
L'interprétation des index;

Les méthodes d'estimation présentées dans ce document seront certainement encore améliorées afin d’obtenir des index les plus précis possibles. Toute modification future sera signalée lors des prochaines sorties d'index. Nous espérons que les index proposés vous aideront dans votre travail de tous les jours et qu'ils seront bénéfiques à l'évolution de la race.

Modèle animal :

Jusqu'à présent, les évaluations étaient réalisées grâce à un modèle père qui ne prend en compte que les liens de parenté paternels. Si ce modèle permet de réaliser des évaluations correctes dans le cas où les taureaux sont utilisés aléatoirement sur tous les types de femelles, il n'en n'est pas de même lorsque les accouplements sont dirigés. Or, tout l'art de la sélection réside dans la réalisation d'accouplements préférentiels en fonction de la vache devant laquelle on se trouve. Penser que les taureaux sont utilisés au hasard dans la population n'est pas juste et il faut tenir compte de cette réalité. L'utilisation d'un modèle animal nous permet d'estimer le potentiel génétique d'un taureau reproducteur en prenant en compte les femelles avec lesquelles il est accouplé. Les index ainsi obtenus sont plus fiables.

Le modèle animal est une évolution du modèle père. Il prend en compte les liens de parenté entre tous les animaux de la population et un taureau est donc évalué non plus seulement sur ses descendants mais également sur ses ascendants (son pedigree) et collatéraux (demi-frères, demi-sœurs,…). L’évaluation génétique est donc ainsi améliorée car réalisée à partir d’une plus grande quantité d’informations. D’autre part, la prise en compte des femelles dans les pedigrees pour prédire la valeur génétique des taureaux permet d'éviter les biais qui seraient dus aux accouplements préférentiels.

Dans l'explication des modèles utilisés, vous pourrez trouver l'héritabilité des caractères variant de 0 à 1. Celle-ci vous donne une indication sur la facilité de sélection du caractère, au plus l'héritabilité du caractère est élevée, au plus il à tendance à se transmettre d'une génération à l'autre. D'une manière générale, nous pouvons dire qu'une héritabilité supérieure à 0,30 caractérise un critère facilement transmissible tandis qu'une héritabilité inférieure à 0,10 révèlera un critère difficilement sélectionable, une héritabilité intermédiaire (entre 0,10 et 0,30) suggèrera que le critère se transmet modérément.

Modèle unicaractère :

Ce type de modèle réalise une évaluation pour un seul caractère à la fois. Il est utilisé lorsque le caractère évalué n'a pas de relation avec d'autres caractères ou lorsque la prise de donnée sur le terrain lui est spécifique (la période à laquelle il est mesuré par exemple). Dans ce cas, le caractère est évalué seul afin de mieux prendre en compte les conditions dans lesquelles il est relevé.

Modèle multicaractère :

Le modèle multicaractère prend en compte les relations (corrélations) qui existent entre différents caractères et réalise des évaluations simultanées des caractères liés. Cette évolution apporte plusieurs avantages : elle permet d'estimer les données manquantes, de renforcer l'information d'un caractère par la connaissance des autres caractères qui lui sont directement liés et d'obtenir des évaluations avec plus de fiabilité pour un même nombre de descendants et d'animaux apparentés.

Evaluations sur les caractères à la naissance :

Les évaluations sont réalisées pour la longueur de gestation (en jours), le poids à la naissance (poids estimé en kg) et la conformation du veau à la naissance (échelle de 1 à 9). Un modèle unicaractère est utilisé pour la conformation à la naissance car cette dernière peut être notée un certain laps de temps après la naissance (visite de l'agent marqueur) et demande donc de prendre en compte des effets spécifiques (âge à la visite, agent,…). La longueur de gestation et le poids à la naissance sont analysés grâce à un modèle multicaractère.

Evaluation pour la conformation :

Le modèle prend en compte les effets suivants :
- Exploitation (fixe)
- Technicien (fixe)
- Année-mois de visite (fixe)
- Age à la visite (covariable, quadratique)
- Sexe (fixe)
- Veau au pis (fixe)

L'héritabilité de la conformation à la naissance est de 0,09.

 

Le modèle prend en compte les effets suivants :
- Exploitation (fixe)
- N° de vêlage (fixe)
- Année de naissance (fixe)
- Mois de naissance (fixe)
- Sexe (fixe)

L’héritabilité est de 0,35 pour la longueur de gestation et de 0,19 pour le poids à la naissance.

Evaluations sur les caractères de seconde visite (14 mois) :

Les évaluations sont réalisées pour la conformation (échelle de 1 à 9), le poids (poids en kg estimé à partir du périmètre thoracique mesuré) et la taille mesurée (en cm). Un modèle multicaractère est utilisé pour ces trois caractères.

L'index économique de seconde visite est calculé en fonction de la conformation et du poids en considérant qu'un point sur l'échelle de conformation (variant de 1 à 9) représente un prix au kg de poids vif supérieur de 0,074 € (3 BEF).

L'index économique indique donc la supériorité économique attendue dans la descendance d'un taureau en la comparant à un animal standard pesant 600 kg et dont le prix par kg de poids vif est de 2,231 € (90 BEF). Il est obtenu selon la formule suivante :

Valeur économique = Valeur d'élevage poids*2,231 + Valeur d'élevage conformation*600

Evaluation pour les caractères de seconde visite :

Le modèle prend en compte les effets suivants :
- troupeau - date visite (fixe)
- sexe (fixe)
- embonpoint (fixe)
- âge selon le sexe (covariable, quadratique)

Les héritabilités sont les suivantes
0,37 pour la conformation
0,26 pour le poids
0,38 pour la taille

Evaluations sur la cotation linéaire :

La cotation linéaire BBB est réalisée sur des animaux âgés de 15 à 56 mois pour 22 caractères notés sur une échelle linéaire variant de 0 à 50. L'ensemble de ces cotes sont ensuite synthétisées en notes partielles selon différents postes (Taille, Musculature, Type Viande, Aplombs et Apparence générale), elles-mêmes regroupées en une Note Finale de cotation linéaire.

Les évaluations génétiques sur les critères de la cotation linéaire utilisent un modèle animal; elles sont réalisées en quatre phases distinctes :

- Modèle unicaractère pour la taille mesurée : il est nécessaire pour la taille car cette dernière n'est pas obligatoirement mesurée en même temps que la réalisation de la cotation linéaire (animaux en prairie,…) et demande donc de prendre en compte des effets spécifiques;
- Modèle unicaractère pour la peau : étant donné que les corrélations avec certains autres caractères ne nous semblent pas cohérentes, nous avons estimé préférable de réaliser une évaluation séparée pour la peau;
- Modèle multicaractère pour les critères individuels sauf la cote de peau;
- Modèle multicaractère pour les notes partielles (Musculature, Apparence générale, Type viande) et la Note Finale.

Evaluation pour la taille mesurée :

Le modèle prend en compte les effets suivants :
- Exploitation / date toise (Fixe)
- Note d'embonpoint (Fixe)
- Age à la toise (covariable, quadratique)

L'héritabilité de la taille est de 0,38.

Evaluation pour la cote de peau :

Le modèle prend en compte les effets suivants :
- Exploitation / date de cotation (Fixe)
- Note d'embonpoint (Fixe)
- Age à la cotation (covariable, quadratique)

L'héritabilité de l’épaisseur de la peau est de 0,17.

Evaluation pour les cotations individuelles :

Le modèle prend en compte les effets suivants :
- Exploitation / date de cotation (Fixe)
- Note d'embonpoint (Fixe)
- Age à la cotation (covariable, quadratique)

Les héritabilités sont les suivantes :

Longueur 0,18   Fesse prof. 0,42
Larg. Poit. 0,20   Fesse ar. 0,39
Larg. bass. 0,26   Ossature 0,18
Epaule 0,30   Epaule os. 0,07
Dessus 0,31   Ligne des. 0,14
Côte 0,25   Ant. fac. dev. 0,08
Croupe 0,29   Post. fac. der. 0,08
Long. bass. 0,14   Jarret 0,19
Queue 0,24      


Evaluation pour les notes partielles :

Le modèle prend en compte les effets suivants :

- Exploitation / date de cotation (Fixe)
- Note d'embonpoint (Fixe)
- Age à la cotation (covariable, quadratique)

Les héritabilités sont les suivantes :

Musculature 0,43
Type Viande 0,32
Apparence Générale 0,40
Note finale 0,31

 

Critères de publication :

Pour être officielles et publiées, les valeurs génétiques (Index) d'un taureau doivent atteindre un seuil de répétabilité (précision) égal ou supérieur à 70 %. En plus de cette règle, le taureau doit avoir au moins 20 descendants répartis dans minimum 5 troupeaux différents.

L'index de conformation est publié s'il respecte ces critères.
Les index de longueur de gestation et de poids sont publiés si l'index de longueur de gestation respecte les critères de publication.

Les quatre index sont publiés si l'index de taille respecte les critères de publication.

Tous les index sont publiés si l'index de la Note partielle de Musculature respecte les critères de publication.

Interprétation des index :

Pour rappel, lors d'une évaluation génétique, les résultats obtenus pour chaque animal sont des valeurs d'élevages exprimées dans l'unité de mesure du caractère. Afin de faciliter l'utilisation de ces résultats, ils sont transformés en index standardisés de moyenne 100 et d'écart-type 10. Leur interprétation est donc la suivante : un index de valeur 100 indique que l'animal est dans la moyenne de la population pour ce caractère, un index supérieur (inférieur) à 100 indique donc que l'animal est supérieur (inférieur) à la moyenne de la population. La notion d'écart-type permet de situer l'animal dans la population pour le caractère considéré : 68 % des animaux évalués ont un index entre 90 et 110 et 95 % d'entre eux ont un index entre 80 et 120. Un index supérieur à 120 indique donc que l'animal se trouve parmi les 2,5 % meilleurs animaux de la population pour ce caractère.

L'index obtenu dans les évaluations génétiques n'est jamais qu'une estimation de la vraie valeur génétique de l'animal. C'est pour cette raison qu'à chaque index est associée une précision (répétabilité ou R2) qui indique la confiance que l'on peut avoir en l'index. Pour rappel, à une répétabilité donnée est associée une erreur de prédiction (Tableau ci-dessous). Prenons l'exemple d'un taureau qui a obtenu un index de 110 avec une répétabilité de 0,91 et donc une erreur de prédiction de 3 (valeur obtenue dans le Tableau). La précision de l'évaluation nous signale qu'il y a 68 % de chance que la vraie valeur génétique du taureau se situe entre 110 ± une fois l'erreur de prédiction et 95 % de chance qu'elle se situe entre 110 ± deux fois l'erreur de prédiction. Dans notre cas : 68 % de chance que la vraie valeur se situe entre 107 et 113 et 95 % de chance qu'elle se situe entre 104 et 116.

Correspondance entre la répétabilité (R2) et l'erreur de prédiction (Err préd) pour les index standardisés

R2
Err préd
 
R2
Err préd
 
R2
Err préd
0,10
9,49
 
0,70
5,48
 
0,94
2,45
0,20
8,94
 
0,80
4,47
 
0,95
2,24
0,30
8,37
 
0,90
3,16
 
0,96
2,00
0,40
7,75
 
0,91
3,00
 
0,97
1,73
0,50
7,07
 
0,92
2,83
 
0,98
1,41
0,60
6,32
 
0,93
2,65
 
0,99
1,00